В 1889 году евангелист Карл Клиббе приезжает в Южную Африку. В Восточном Лондоне (около Кейптауна) он основывает в 1892 году первую общину на африканском континенте. После смены столетий молодые евангелисты переселяются в Кейптаун, Порт Элизабет, Дурбан, Йоханнесбург и Кимберли, чтобы в этих больших городах Южной Африки создать общины.

В 1906 году возводится первое собственное церковное здание Новоапостольской церкви в Африке. Вскоре в качестве богослужебных языков вводятся английский и африкаанс. В 1955 году в Африке есть уже три региональные церкви. Наряду с региональной церковью Кейп, насчитывающей уже десятилетия, также Юго-Восточная Африка, Замбия и ряд европейских региональных церквей проводят миссионерскую работу в Африке.

Со своими восемью миллионами верующих Африка является континентом, на котором проживает почти 80% всех новоапостольских христиан и свыше половины всех апостолов.